三格化粪池可分为钢筋混凝土和砖砌两种结构。主要由便池蹲位、连通管和分成三个相互连通格室的密封粪池组成。其中池主要起截留粪渣、发酵和沉淀虫卵作用；第二池起继续发酵作用；第三池主要起发酵后粪液的贮存作用。根据三个小室的主要功能依次命名为截留沉淀与发酵池、再次发酵池和储粪池。三池由连通管相连通。连通管形式多样，有倒U形、倒L形及直接斜插连通管等形式。还有直接开孔形式。

直接开孔建造简单，不易堵塞。但卫生效果差。连通管安装位置要得当。大三格化粪池可适当增加连通管数量，以防堵塞。连通管以水泥预制、陶管或PVC塑料管居多。在池和第三池上方分别设有清渣口和出粪口。自第三池出粪口流出的粪液已经基本上不含寄生虫卵和病原微生物，可供农田直接使用。